Durante la segunda mitad del siglo XVIII las monarquías europeas influidas por la filosofía de las Luces ponen en práctica una forma de gobierno que la historiografía ha consagrado con el nombre de Despotismo ilustrado y es en este contexto donde los monarcas retoman una teoría y tradición jurídica llamada regalismo que permite la participación de éstos en la vida de la Iglesia. En base a estos principios se produce la expulsión de los jesuitas de algunos países y su posterior supresión por el Papado. Una de las razones que los monarcas regalistas esgrimen es el llamado cuarto voto de los jesuitas que añade a los tradicionales votos religiosos el de obediencia al Papado. Las monarquías europeas argumentaron que la doble obediencia al Rey y al monarca de un Estado extranjero, en este caso al Papa, no era posible. Son los años en que se potencia la construcción de Iglesias nacionales tuteladas por las monarquías católicas.
Sin lugar a dudas, las apetencias económicas de los monarcas y los temores a que la influencia política e ideológica de los jesuitas dificultase su poder, son algunas de las razones no siempre explicitadas. Para llevar a cabo sus objetivos las monarquías ilustradas cuentan con poderosos aliados dentro del seno de la Iglesia, como fue el caso en España del Padre Joaquín de Eleta, franciscano y obispo, que fue confesor de Carlos III durante 27 años. Así mismo los monarcas y sus ministros supieron explotar en beneficio propio las querellas que había en el interior de la Iglesia, especialmente entre las diferentes congregaciones y órdenes religiosas. Algunas de estas disensiones cuyos orígenes datan de siglos pasados tuvieron el escenario americano como fondo. Un claro ejemplo de lo expresado anteriormente fue la pugna entre los jesuitas y el obispo y virrey de Nueva España Juan de Palafox en el siglo XVII y cuyo litigio se avivó en el siglo XVIII por el inicio de la causa de beatificación de éste. También con América como marco, las innovadoras experiencias misioneras llevadas a cabo por la Compañía de Jesús en el cono Sur, especialmente conocidas la reducciones guaraníes en Paraguay, fueron motivo de alarma para el colonialismo hispano, que las interpretó como estímulos en pro de la independencia de aquellos territorios.
También en España se desarrolló uno de los sucesos paradigmáticos que sirvieron para intentar desprestigiar y justificar la expulsión de los jesuitas. En marzo de 1766 se produce en Madrid uno de los motines de subsistencias tan frecuentes durante el Antiguo Régimen, las iras populares están canalizadas contra el ministro marqués de Esquilache. Para este estallido popular a las causas sociales se unieron las intrigas políticas y se añadió además un motivo un tanto folclórico, como fue la reglamentación de la indumentaria de las gentes, que veían constreñido el uso de los tradicionales sombreros y capas. Apenas un mes después se forma el llamado Consejo Extraordinario con conocidos elementos hostiles a la Compañía, como el conde de Aranda y Campomanes, que acusaron a los jesuitas de instigar las revueltas. Estas acusaciones se ponen de manifiesto en el documento Pesquisa Secreta.
En Portugal la expulsión se produjo en 1759 y el camino recorrido hasta ese año fue similar al de España. Allí la figura clave fue el omnipotente marqués de Pombal que ya desde 1750 libraba una clara lucha con los jesuitas. El terremoto de Lisboa de 1755 vino a añadir a la pugna un componente de contenido teológico. Se acusó a los jesuitas de culpabilizar a Pombal del seísmo por su mal gobierno. No olvidemos que esa gran catástrofe sirvió incluso a Voltaire para plantear el problema del mal y su compatibilidad con la existencia de Dios.
En Francia no hubo expulsión, sino supresión decretada por el rey Luis XV en 1764. Pero el conflicto había comenzado dos años antes, en 1762, cuando el Parlamento de París expulsó a los jesuitas de sus casas, aunque no de Francia. Otros parlamentos imitaron al de París, pero no todos. Por eso el Rey acabó imponiendo una solución común a finales de 1764, decretando la supresión de la Compañía en Francia, pero no la expulsión. Aquí, entre los motivos aducidos para la supresión de la Compañía subyace la antigua competencia teológica entre jansenistas y jesuitas.
En 1767 la expulsión se lleva a cabo en España por una Pragmática Sanción de Carlos III. De nuestro país y sus colonias fueron expulsados cerca de 5.000 jesuitas. Aunque estos forzados éxodos y la consiguiente incautación de sus bienes supuso un duro varapalo para la Compañía, aún más dura fue su posterior supresión. Llevada a cabo por el Papa Clemente XIV en 1773. Para poder valorar la importancia que los jesuitas tenían en aquellos años podemos indicar que habría alrededor de 23.000 jesuitas en todo el orbe y que tenían una significativa presencia en las misiones de Asia y América y en el ámbito de la educación, con más de 800 colegios en todo el mundo.
Al ser suprimidos y expulsados de España, perdieron sus bienes y cada uno de ellos pasó a recibir una exigua pensión del Estado. Desde varios puertos de España y de América embarcaron hacia el Mediterráneo, en las que serán durante un mes sus “residencias flotantes”, hasta que los dejaron desembarcar en la isla de Córcega. Carlos III los había enviado a los Estados Pontificios sin contar con el Papa; por eso Clemente XIII no les permitió el desembarco. Después de permanecer unos meses en Córcega, el papa los permitió asentarse en los Estados Pontificios. Debido a las penalidades sufridas numerosos jesuitas perecieron durante la travesía.